Марқакөл қорығын қорғау мәселесімен табиғат жанашырлары тұрақты айналысып келеді. 1980 жылдан бері істейтін қорық мұражайында әртүрлі іс-шара өтеді. Оған жыл сайын 500-600-ге жуық адам қатысады.
Қорық Шығыс Қазақстан облысы, Күршім ауданындағы Марқакөл көлінің маңында орналасқан. Табиғаты ерекше қорықта саналуан өсімдік, аң-құс, балық пен түз жануарының көп түрі мекендейді.
Қорық 1976 жылғы 4 тамызда Алтай-Саян таулы аймағының табиғи байлығын қорғау үшін құрылған. Қорықтың жалпы ауданы 71 мың гектардан асады, оның 44 гектарын су айдыны алып жатыр. Қорық оңтүстік-шығыс жиек пен Азутау тау қыратының солтүстік бөлігі деп екіге бөлінеді. Теректі өзенінің жазығы мен Күршім тау жотасының су айрығы да осы бөлікке кіреді.
Негізгі жер бедері түрлі-түсті қыналы-мүкті тундра топырағынан тұрады. Қалың тайганы әдемі Сібір балқарағайы басқан. Балқарағайдың қасында дәрілік шөпке бай еңіс тау шалғыны гүлдеп тұр. Мұнда ірі жапырақты сарғалдақ, ақгүл, маралшөп, бадан мен итмұрын өседі.
Қорықтың солтүстік бөлігінде самырсын мен балқарағай ағашының жас көшеттері бар. Оңтүстік Алтай шыңдарында шырша мен самырсын қарағайы безендірген қылқанжапырақты қалың орман өседі. Әртүрлі шөп арасынан екі метрлік қарақат бұтақтары, таңқурай бұтасы, ырғай мен тобылғы тоғайлары көзге түседі.
Мұнда Қызыл кітапқа кірген өсімдіктерден Сібір иттісі, тәтті астрагал, қызғалдақ, дала пеоны және Алтай рауғашы кездеседі.
Марқакөл қорығының көп бөлігін су алып жатыр. Ең үлкені — Марқакөл көлі. Ол күмбез бейнелі Күршім тауы мен Азутау арасында 46 мың гектар аумаққа жайылып жатыр. Көлдің тереңдігі 27 метрге дейін жетеді. Көлге 95 су арнасы келіп құйса да, одан бір ғана Қалжыр өзені ағып шығады. Судың түсі тәулік мезгіліне және күн райына қарай өзгереді. Күн батар уақытта көл көгілдір немесе алтын түсті болса, күн райы нашар кезде күміс түс байқалады.
Марқакөл көлінде арқанбалық тұқымдастарына жататын майқан балығы кездеседі. Бұл — көлдің ең басты байлығы. Сол себепті көл маңына көп адам қоныстанған.
