Бизнес мектебі
Назарбаев Университетінің Жоғары бизнес мектебі Дьюк Университетінің Фукуа Бизнес мектебімен әріптестікте EMBA Фукуа әріптесінің көрнекті бағдарламасы мен дәстүрлі МВА бағдарламаларының үлгісінде арнайы EМВА бағдарламасын ашуымен 2013 жылдың наурыз айында іске қосылды. Бакалавриат бағдарламалары бойынша өзінің алғашқы студенттерін шығарған кезде Мектеп Қазақстанның басқарушылық және кәсіпкерлік қажеттіліктерін қанағаттандыру үшін өте қажет болып табылатын мамандықтар бойынша Университет қабырғасында классикалық МВА бағдарламасы бойынша білім беруді бастайды. Бүгінгі күні энергетика секторын қоса алғанда, кәсіпкерлік пен шағын және орта бизнесті дамыту саласындағы басшы қызметкерлерді оқыту жүргізілуде.
Мемлекеттік саясат мектебі
Университеттің Қазақстанның елордасы, оның әкімшілік орталығы – Астанада орналасуы мемлекеттік сектордың болашақ көшбасшыларын даярлау мен қазіргі мемлекеттік басқарушылардың біліктілігін арттыру бойынша ерекше міндеттемелерді жүктейді. Университетке сондай-ақ елдің ертеңін айқындайтын саяси мәселелер бойынша диалогтың қатысушысы болу қажет. Осы мақсаттарға жету үшін қазіргі уақытта Жоғары мемлекеттік саясат мектебін дамыту Ли Куан Ю атындағы Сингапур Ұлттық университетінің Жоғары мемлекеттік саясат мектебімен ынтымақтастықта жүзеге асырылуда. Жоғары бизнес мектебінен басқа Университеттің Жоғары мемлекеттік саясат мектебі 2013 жылдың күзінде мемлекеттік саясат саласында студент-магистранттардың алғашқы тобымен өз жұмысын бастады. Қазіргі кезеңде мемлекеттік қызметшілердің жоғары буынын арнайы даярлау жұмыстары жүргізілуде.
Білім беру мектебі
2012 жылы ашылған Жоғары білім беру мектебі өзінің алғашқы бағдарламаларын 2013 жылдың күзінде іске қосты. Бағдарламалар екі бағыт бойынша іске асырылады, олардың бірі Пенсильвания Университетімен ынтымақтастықта жоғары білім беруге бағытталған, екіншісі Кембридж Университетімен ынтымақтастықта орта білім беруге арналған. Бастапқыда Мектепте мамандықты таңдау құқығымен екі магистратура бағдарламасы ұсынылады, атап айтқанда, жоғары және орта білім беруді басқаруда басшылық ету рөлін өзіне алуды жоспарлайтын болашақ басқарушыларға арналған бағдарлама және педагогикалық институттардың оқытушылары мен орта мектептердегі пәндік оқу бағдарламалары және академиялық жоспарлар бойынша мамандарға арналған және басқа да барлық оқу орындарындағы академиялық жоспарлар бойынша бағдарлама. Бұдан әрі PhD докторантура бағдарламасы көзделген.
Медицина мектебі
Университет Ұлттық медициналық холдингті (ҰМХ) интеграцияланған академиялық денсаулық сақтау жүйесінің (ИАДСЖ) ажырамас бөлігіне айналдыру үдерісінде. ИАДСЖ-ға ҰМХ-тің клиникалары, Өмір туралы ғылымдар орталығы және болашақ Медицина мектебі кіреді. Университет Мектептерінің білім беру секторы үшін маңызы қандай болса, білім беру үдерісін, ғылыми зерттеулер мен клиникалық практиканы біріктіре отырып, Назарбаев Университеті ИАДСЖ-дың да денсаулық сақтау секторы үшін баға жетпес маңызы бар. Университет Мектептері Қазақстанның жоғары білім беру саласын реформалаудың алғы шебінде болған кездерде интеграцияланған академиялық денсаулық сақтау жүйесі инновациялар мен эксперименттер жасаудың арқасында денсаулық сақтау саласындағы реформаларда көшбасшы болады.
Университеттің Медицина мектебі медициналық білімнің бірегей моделін жасайды, ол түлектерге медициналық зерттеулер, білім беру және емделушілерге күтім жасау саласында ғылыми қызметкер ретінде өз мансабын жасауға мүмкіндік береді. Медицина мектебінің 4 жылдық оқу жоспарында студенттер алғашқы оқу жылынан бастап клиникалық практикамен айланысады. Клиникалық сабақтар мен сыныптардың көбісі ҰМХ клиникаларының базасында ұйымдастырылатын болады. Клиникалар қазірдің өзінде заманауи академиялық ауруханалар мәртебесін алу үшін халықаралық сертификаттаудан өтуге кірісті.