Ернар Бағытжанұлы 1974 жылы 25 қазанда Қарағанды қаласында туған. 1996 жылы Е.А.Бөкетов атындағы Карағанды мемлекеттік университетін «Экономика» мамандығы бойынша бітірген.
Еңбек жолын 1996 жылы Қарағанды қаласындағы Халық банкінің Ленин аудандық филиалында бақылаушы-кассир болып бастаған.
1997-2007 жылдар аралығында Қазақстан Республикасы Мемлекеттік кіріс министрлігі Кеден комитетінің кедендік рәсімдеуді бақылауды ұйымдастыру бөлімінің жетекшісі, бас инспекторы, бастығы лауазымын атқарды.
2008-2012 жылдар аралығында «Сауда саясатын дамыту орталығы» АҚ Сыртқы сауда саясатын және сауданы дамытуды талдау департаментінің бас сарапшысы, директордың орынбасары, директоры болып жұмыс істеді.
2012 жылдан 2017 жылғы сәуірге дейін Қазақстан Республикасы Ұлттық экономика министрлігі Халықаралық экономикалық интеграциялар департаментінің директоры болды.
«Қазақстан Республикасының Тәуелсіздігіне 20 жыл» мерейтойлық медалімен (2011), «Ерен еңбегі үшін» медалімен (2014), «Қазақстан Республикасының тәуелсіздігіне 25 жыл» мерейтойлық медалімен (2016) марапатталған.
Еске сала кетсек, осы қызметті 2008 жылдан бері атқарған Руслан Дәленов ҚР Ұлттық экономика бірінші вице-министрі болып тағайындалды.