Жоғары сатыдағы организмдер классификациясы белгілі бір дәрежеде олардың эволюциялық байланысын қамтитын болса, осындай негізде прокариоттар, яғни микроорганизмдер классификациясын жасау едәуір қиындықтар келтіреді. Систематика — дегеніміз көп түрлі организм топтарының (таксондар) өзара-қарым-қатынасын зерттейтін ілім; ал-классификация-көп түрлі организмдерің топтарға (таксондар) бөлінуін, ал таксономия-организмдер топтарының (таксондар) аттары мен олардың өзара шектесуін және тәуелділік қарым-қатынасын анықтайды. Таксондар- белгілі дәрежеде бір текті қасиеті бар организмдер топтары.
Таксономиялық категория ретінде түрді алуға болады. Түр –дегеніміз дәл сол кезеңдегі эволюцияда белгілі бір морфологиялық, биохимиялық және физиологиялық белгілері бар, басқа түрлерден сұрыптау нәтижесінде оқшауланған, белгілі бір ортада тіршілік етуге бейімделген, жалпы шығу тегі бір өзара туыстық қатысы бар организмдер топтары.
Микробиологияда “штамм” және “клон” деген терминдерді жиі қолданады. Штамм — деген түрге қарағанда біржақты түсінік. Әдетте штамм деген әр түрлі (топырақ, су, организм т.б) немесе бір түрлі табиғи ортадан бөлініп алынған, бір түрге жататын микроорганизмдердің әр түрлі культураларын айтады. Бір түрге жататын штамдардың қасиеттері жағынан жақындығы немесе кейбір жеке қасиеттері жағынан айырмашылығы болады. Соның өзінде әр түрлі штамдардың қасиеттері түр қасиеттерінің шегінен шықпауы тиіс.
Клон дегеніміз – бір клеткадан алынған культура. Бір түрдің особьтарынан тұратын микроорганизмдер жиынтығын таза культура деп атайды. Барлық прокариоттық микроорганизмдер Procaryotae дүниесіне біріктірілгенде төрт бөлімге ажыратылған. Ол бөлімдер тиісінше класстарға, қатарларға, тұқымдастарға, туыстарға және түрлерге бөлінеді.
І-бөлім. Грациликутес Gracilicutes — бұл бөлімге клетка қабырғалары грамм әдісімен теріске боялатын коккалар, таяқшалар немесе жіпшелер жатады. Олар қозғалғыш және қозғалмайтын клетка ішінде спора түзбейтін болып келеді. Екіге бөліну, бүршіктену арқылы көбейеді. Бұл бөлімге фототрофтар және фототрофты еместер, аэробты, анаэробты және факультативті анаэробты микроорганизмдер жатады. Кейбір түрлері облигатты анаэроб, клетка ішілік паразиттер болып есептеледі.
І-класс. Скотобактерия Scotobacteria
1-топ спирохетталар. Оған бір ғана спирохета қатары жатады. Оның спирохета және лептоспира деген тұқымдастары бар. Клеткалары иректелген, шиыршықтанып қозғалады. Жекеленген ядросы жоқ. Спора түзбейді. Көлденеңінен бөліну арқылы көбейеді, қозғалғыш. Факультативті анаэроб немесе тек анаэроб. Ірі спирохеталары Spirochaetales және Grirtispira майдалары, Trepanema,Borrelis және leptospika туыстарына жатады. Алғашқы екі туыс сапрофиттер, одан кейінге үшеуі паразиттер, адам мен жануарларда жұқпалы ауыруларды қоздырады.
2-топ Спираль тәрізді, клеткалары иректелген, Грамм теріс, Spiriliaceae, тұқымдасына біріккен бактериялар тобы. Клетка қабығы қатты сондықтан ол өз пішінін өзгертпейді. Клетканың бір немесе екі ұшына бірдей орналасқан бір және бірнеше жіпшелер арқылы қозғалады. Бұлардың аэробты және анаэробты өкілдері бар.
Spirillum туысына негізінен сапрофиттер, ағынсыз, лас суларда, өсімдіктер шірінділері мен жануарлар өлекселерінде тіршілік етеді.
Azospirillum туысына жататындары-ауа азотын қармай алады.
3-топ Аэробты, Грамм теріс таяқшалар және коккалар. Бұл топқа жататын бактериялар жеті тұқымдастан тұратын. Оның үшеуінің практикалық маңызы бар.
Pseudomonadaceae тұқымдасына Pseudomonas туысы, спорасыз тік немесе ептеп иілген таяқша бактериялар жатады. Олар ауада, топырақта тұщы және теңіз суларында, су астындағы балшығында кездеседі.
Ал Azotobacteriaceae тұқымдасы өкілдерінің клеткалары ірі, қозғалғыш, спора түзбейді. Гетеротроптар атмосфера азотын сіңіре алады. Топырақта кең тараған. Бұл тұқымдас төрт туыстан тұрады. Aztbacter, Azomonas, Beigerinchia, және Derxia.
Rhirobiaceae тұқымдасының құрамына Pseudomonadaceae тұқымдасына жататын өкілдеріне тән қасиет бар организмдер жатады. Олар түрлі өсімдіктер тамырларында түйнектер түзуге бейімделген.
Methylococcaceae тұқымдасына құрамында бір көмір сутегі бар органикалық қосылыстарды көмірсутегі және энергия көзі ретінде қолданылатын грамм теріс бактериялары жатады. Оған Methylococcus және Methylomonas туысы жатады. Клеткалары таяқша мен коккалардан тұрады, қозғалмайды. Көмір сутегі мен энергияны тек метил спиртімен метаннан ғана ала алады. Облигатты аэробтар.
Acetobacteriaceae тұқымдасына Acetobacter мен Gluconobacter жатады.
4-топ Грамм теріс, факультативті анаэроб таяқшалар. Бұған Enterobacteriaceae және Vibrionaceae деген екі тұқымдас, бірінші тұқымдасқа Грамм теріс, қозғалатын немесе қозғалмайтын спорасыз аэробты немесе факультативті анаэробты немесе факультативті анаэробты таяқшалар жатады.
Адамда аса ауыр ауыруларды қоздырғыштар қатарына Salmonella және Shigella жатады.
Salmonella typhi –сүзек. Ал Shigella түрінің біразы бактериялық дизентирияны қоздырады. Vibrionaceae тұқымдасынаVibrio,Aeromohas, Plesiomonas және Photobacterium туыстары жатады. Олар тұщы және теңіз суларында, кейде адам немесе балық организмдерінде кездеседі.
5-топ Грамм теріс, түзу, кейде иректелеген және спираль тәрізді (бұйра) таяқшалар бұл топ тек қана Bacteroidaceae тұқымдасынан тұрады. Оған Bacteroides,Pusobacterium және Zeptotrichia туыстары жатады.
6-топ Грамм теріс, хемолитотрофты бактериялар. Құрамында екі тұқымдас және 15 туысы бар.
Аммиякты нитритке дейін тотықтыратындары Nitrosomonas,Nitrosospira, Nitrosocaeus және Nitrosolobus туыстары, ал нитриттерді нитраттарға дейін тотықтратындарға Nitrobacter, Nitrosuspura, және Nitrosocooceus туыстары жатады.
Топырақта, түрлі суларда, табиғи күкірт бұлақтарында кездеседі-Thiobacterium, Thiospira туыстары да белгілі.
7-топ. Шырыш бактериялары. Бұған Myxobacteriales және Cyxophagales қатары жатады.
Myxococcaceae тұқымдасы, оған бір ғана Myxococcus туысы жатады. Сонымен бірге Archagum туысы бар Arhangiaceae тұқымдасы, Polyangium туысы бар Polyangiaceae тұқымдасы да осы қатарға кіреді.
8-топ. Шырыш қабық бактериялар (хлимидобактериялар) олардың ішінде көп тарағаны Sphaerotilles және Zeptothriz. Грамм теріс, аэробтар, тущы суларда тіршілік етеді. Бұлардың Streptthrix, Crenothrix, Clonothrix, және басқа да туыстары бар.
9-топ Бүршіктенуші және сабақ тәріздес бактериялар. Hyphomicobium туысы шеттері үшкір, таяқша бактериялар (аэробтар). Бұл топқа бүршіктену арқылы көбейетін, бірақ бүйір өсінді түзбейтін Seliberia, Pasteuria, Blastobacter туыстары жатады.
10-топ. Реккетсийлер мен хламидиялар микроорганизмдердің бұл тобына Rickettsieles пен Chlamydiales қатарлары жатады.
Бірінші қатарға жататын бактериялардың қасиеттері мынадай: қозғалмайды, грамм теріс, прокариоттарға тән клетка қабығы болады, ішінде тері тканьдер бар арнаулы қоректік ортада өсіреді.
Грамм мен оңға боялатын, жай қоректік оталарда өсіруге көнетін түрлері де болады.
Rickettsiales қатары үш тұқымдастардан Rickettsiaceae, Bartonellaceae, және Ahaplasmataceae тұрады. Rickettsiales тұқымдастарының өкілдері тірі организмде ғана көбеюге бейімделген.
Chlamycliales, Chlamyckiaceae тұқымдасынан және Chlamyclya туысынан тұрады. Хламидийлер өте күрделі даму циклы бар омыртқалылар мен адамдардың клетка ішіндегі облигатты паразиті.
ІІ-класс. Anoxyphotobacteria. Anoxyphotobacteria kласы-фототрофты бактериялар. Бұған негізінен оттегі қатысынсыз, жүретін фотосинтез типтес организмдер жатады. Ол екі қатарға бөлінеді. Бірінші Rhodospirilbales (қошқыл бактериялар) және Chlorjbiales (жасыл бактериялар).
ІІІ-класс. Oxyphotobacteria Бұл кластағы фотосинтез құбылысы молекула күйіндегі оттегінің бөлінуі арқылы жүзеге асады. Оған Cyanobacteriales (цианобактериялар), және Prochlorles (прохлорфиттер) жатады.
Цианобактериялар (көк жасыл балдырлар)-грамм теріс, клетка, қабығында пептидаликан қабаты бар, көп қабатты прокариот организмдер. Цианобактериялар клеткасында фотосинтез жүретін жақсы дамыған цитоплазматикалық мембранасы болады.
Прохлорофиттер-бір клеткалы, симбиозды тіршілік етеді, грамм теріс, прокариот организмдер қозғалмайды. Цитоплазмасы тилокойдтарға толы, оттегін бөлу арқылы фотосинтез құбылысын атқарады.
ІІ-бөлім. (Firmicutes) Firmicutes қатарына клетка қабығы грамм оң типтес, коккалар, таяқшалар немесе жіпшелер жатады. Кейбіреулері бұтақтанады, қозғалады және қозғалмайтындары да бар. Әдетте екіге бөліну арқылы, кейде спора көмегімен көбейеді, фотосинтезге қаблеті жоқ, хемотрофты, аэроб, анаэроб организмдер.
1 класс Firmibacteria
1-топ грамм оң бактериялар. Бұларға Mycrococcaceae, Stuptococaaceae, және Peptococeaceae тұқымдастары жатады.
Stuptococeaceae тұқымдасына Stuptcoceus, Zeuconastoe, Pediococeus, Aerococcus және Gemella жатады.
peptacoccaceae тұқымдасы төрт туыстан Peptococeus, Pepto-Stutococeus, Ruminococous,және тұрады.
Клеткалары бір-бірден, қос-қостан, шынжырша тәрізді немесе пакет сияқты төрт-төрттен орналасқан – қозғалмайды, спора түзбейді, хелоорганитрофтар. Кейбір өкілдері қантты ашытады, анаэробтар топырақта, өсімдікте, адам мен жануарлар ішек қарындарында кең таралған.
2-топ. Эндоспора түзетін таяқша тәрізділер және коккалар. Бұл топқа жататын организмдер төрт туыстан тұрады. Олар: Bacillus, Sporolactoacillus clostridium, Desulfotomaculum жәнеSporosarcina жатады.
3-топ Эндоспоралар түзбейтін, Грамм оң таяқша бактериялар. Бұл топқа жататын бактериялар Lactobaccilaceae деп аталатын бір – ақ тұқымдастан тұрады.
ІІ класс Tallobacteria. Tallobacteria класына актиномициттер мен оларға туыстас организмдер жатады. Олардың барлығы бактериялардың үш тобынан тұрады.
1 топ. Корнибактериялар. Оған Corynebacterium Arthvobacter және Kurthia жатады. Corynebacterium туысына Грамм оң, қозғалмайтын, спора түзбейтін, түйреуіш тәрізді бактериялар жатады.
2 топ Propionibacteriaceae тұқымдасына жатады. Ол Propionibacterium және Eubacterum туысынан тұрады. Propionibacterium туысына кіретін организмдер клеткалары бұтақтанады. Кейде тік таяқша, түйреуіш тәрізді жіпше түзеді, ал кейде коккалардан тұрады.
3 топ Actinomycetales (актиномициттер) қатары, бұларға грамм оң, бұтақшалар түзетін ал одан мицелий түзетін организмдер жатады.
Actinomycebaceae тұқымдасына грамм оң, бұтақталған гифі бар организмдер жатады. Ауа мицелийі мен споралар түзбейді, қозғалмайды. Факультативті анаэробтар, хемоорганатрофтар. Олардың кейбір өкілдері түрлі ауыруларды қоздырады. Бұл тұқымдасқа Actinomyces, Arachnia, Bifidobacterium туыстары жатады.
ІІІ-бөлім Tenericutes бұл бөлімге жұқа плазмалық мембранасы бар, пептидогикан түзбейтін, грамм оң прокариот организмдер жатады. Бұршіктену және екіге бөліну арқылы көбейеді. Бұған микроплазмалар жатады. Олардың көпшілігі сапрофиттер, параиттер және жануарлар мен өсімдіктер ауыру қоздырғыштары.
Микроплазмалар – клетка қабығы жоқ прокариот организмдер. Микроплазмалар Mollicutes класына жататын организмдер жиынтығы. Оған үш тұқымдастан тұратын қатары жатады.
Mycoplasmaceae тұқымдасы Mycoplasmales және Urcaplasma туыстарынан тұрады. Олар табиғатта (топырақта, суда) кең таралған.Көпшілігі сапрофиттер және паразиттер. Адам және жануарлардың түрлі ауруларын қоздырады.
ІV— бөлім. Mendolosicutes. Бұл бөлімге пептидогликан (мурин) жақ клетка қабығы жетілмеген прокариот организмдер жатады. Клеткалары каскалар, таяқша және спираль алты ұшты жұлдызша, шар тәрізді. Кейбір өкілдері грамм бойынша оңға боялса, қалғандары грамм теріс, эндоспоралар түзбейді, көпшілігі қозғалғыш.
Басым көпшілік бактериялары – анаэробтар, ал олардың ішінде аэробтары да кездеседі. Қолайсыз жағдайларда да тіршілік ете алады. Бұл бөлім Archeobacteria класынан тұрады. Метан түзуші бактерияларға methanobacterium, methahcoccus, methanosarcina және басқа да туыстар жатады.
Күкірт тотықтырғыш аэробты бактериялар тобына Sulfolobus туысы жатады. Элементті күкіртті тотықтыру жолымен энергия қамтиды. Факультативті авторовтар аэробтар. Кейбіреулері 70-75 0 С есе береді.