Ш.Уалихановтың мол ғылыми мұрасының негізгі бөлігі халық ауыз әдебиетіндегі туындыларға негізделген екенін байқауға болады. Шоқан Уалихановтыңаңыз эпостарды жинап талдау жасауы, сол арқылы Орта Азия мен Қазақстан халықтарының тарихын, тағдырының бұралаң жолдарын, шығу тегін, қоныс өрісін өзге елдермен мәдени байланыс дәрежесін дүниетанымын наным сенімін анықтамақ болып, қыруар жұмыс атқарғанын ғылыми ерлік деп айтуға тұрарлық. Осындай жұмыстары арқылы Шоқан іргелес жатқан бауыр-туыс елдің рухани әлемін сол кездегі зиял жұртшылыққа таныстырып, халықтар достығын нығайтуға нақтылы қадам жасаумен қатар, тарих ғылымы нысанасы жетуге тырысты.
Шоқан тарихи маңызы бар мақалаларындағы негізгі тақырып Абылай ханның жүргізген саясаты мен қазақ және жоңғар қарым-қатынасы төңірегінен шығады. Оның «Абылай», «Шуна — батыр», «ХVІІІ ғасырдағы батырлар жөніндегі тарихи мұра» және тағыда басқа мақалалары қазақ-жоңғар қарым-қатынасында және тарихтағы Абылай ханға деген көзқарастарда жаңа бетті ашқандай болды. Жоғарыда аталғандай Шоқан өз шығармаларының көпшілігін ауыз әдебиетінің туындыларына жүгінген әсіресе ақын және жыраулардың шығармаларына жүгінеді. Ол өз еңбектерінде «тарихты зерттеу жағынан халықтың поэзиялық рухы тамаша. Себебі: біріншіден дала халқында тарих таңқаларлық есте сақтау қабілеті бар импровизатор арқылы жетеді, екіншіден ақын жыраулар өз заманының жағдайын толықтай суреттеуі, үшіншіден ауыз әдебиетіндегі поэмалар салт-санамен, мақал-мәтелмен, құқықтық кодекстерімен бірегей болып табылады. Сондықтан ол өткен кездегі халықтың тарихи және рухани дүниесін танытады және де бізге көптеген тарихи қосымша мәліметтерді береді және олардың қайдан шықанын түсіндіреді» [27, 391 б] деп ауыз әдебиетін зерттеуге деген құлшынысын түсіндіреді. Сонымен қатар Шоқан Уалиханов дерек ретінде орыс-жоңғар, және Қытай қарым-қатынасына байланысты архивтік деректерді пайдалана білді.
Ш.Ш.Уалихановтың қазақ-жоңғар және Абылай хан мәселесіне көп еңбек етті, алайда оның зерттеулеріндегі кейбір қорытындылар, көзқарастар мен пікірлер қазіргі тарихта қолдау таппайды. Ол өз мақалаларында XVIII ғасырдың ортасындағы жоңғар еліндегі жағдайды былайша суреттеуге тырысқан: «1745 жылы қырғыздар арасындағы үлкен болып саналған Қалдан Церен өледі, және жоңғарияда біріншілік үшін талас тартыстар байқалады. Қалмақтық Тайдзилер Абылайдан көмек іздеуге мәжбүр болды. Ал Абылай хан жоңағрларға деген ескі кекшілдіктен бұл жағдайды пайдаланып жоңғарларды әлсіретуге тырысып, талас тартысты бірде бірінші, бірде екінші жақты жақтап созуға тырысты» [27, 391 б].
Айта кететін жайт Абылай хан көрегенділік пен даналық таныта білген сұлтан. Ол осы кездегі өзгерістерді түсіне білді. Оның көз алдында осыдан аз ғана бұрын құдіретті мемлекет талқандалды және Абылай бұл оқиғадағы Цин империясының ролін бағалай білген. Сондықтан оның түсінігінше жақын көрші ретінде Циндіктерді көргенше, жоңғарларды таныған дұрысырақ болады, себебі Циндіктер қазақ хандығы үшін үлкен қауіпті тудыратын еді. Ал жоңғарлар үнемі жаугершілікте жүргендіктен онсызда әлсіреп қазақ хандығы үшін ешқандай қауіпті тудырмайтын. Жоңғар қонтайшысы Әмірсанаға әскери көмек бере отырып Абылай досына бірегей мемлекетті сақтауға жәрдемдесті. Бұл тарихи тұжырым бүгінде көпшілік тарихшылар мен зерттеушілердің көңілінен шығады. Неліктен Ш.Уалихановта осындай тұжырымға келмейді деген сұраққа келсек Шоқан жыраулардың деректері мен орыс архивтерінің деректеріне сүйенді, сондықтан өзіндік заманына да сай тұжырымдарға, зерттеулеріндегі нәтижелерге келіп отырды.
Жалпы Шоқан Уалихановтың тарихи зерттеулердегі тереңдік пен кеңдіктің нағыз белгілері айқын көрінетін екі тақырыптың бағытында жұмыс жүргізгені мәлім, яғни жоғарыда аталған Абылай мен қазақ-жоңғар қатынастарына аса көп назар аударады. Шынында да бүгінде бұл екі тақырып айналасында бірқатар көзқарастар деректермен ашылмаған істер де бар. Міне осындай өзіндік тұжырымдарын алғашқылардың бірі болып Шоқан Уалиханов салған.
Шоқан Уалиханов сонымен қатар Қазақстан мен Орта Азия халықтарының тарихында зерттеуге аса назарлықпен қарағаны белгілі. Ең бастысы Шоқан Уалиханов қырғыз халқы жөніндегі зерттеулер жүргізе отырып халықтың шығуын тарихи оқиғаларын дерек көзі ретінде ауыз әдебиетін пайдалана отырып зерттейді. Сонымен қатар өз зерттеулерінде “Қытай шежірелері мен Абылғазы еңбектерінен біз қырғыз халқы жайлы деректер таптық …” [25, 128 б] деп атайды. Осылайша Шоқан қырғыз халқын зерттеуде Қытай шежірелері мен Абылғазы шежіресі және Риттердің “Erdkunde von Asien” деген еңбегінде дерек ретінде пайдаланады.
Жалпы Шоқан Уалихановтың еңбектерінде қырғыздар, хакастар, ұйғырлар, дүнгендер, қарақалпақтар және жекелеген тайпалардың шығу тегі соми тарихы егжей-тегжей қарастырылған. Сондықтан Шоқан Уалихановты тек қазақ халқының зерттеушісі ретінде қарастырмай Орта Азия халықтарының ғалымы ретінде көрсету белгіленуде. Шынында да Шоқанның Орта Азия халықтарының тарихын зерттеуде еңбегі мол. Алайда мұндай еңбектің құны ауыр-ақ болды. Мұнда айта кететін жайт Шоқанның еңбектері, мақалалары, құнды зерттеулері Ресейдің Орта Азияны басып алудағы танып білуіне көмекші құрал болғанын ескермей кетуге болмайды.