Шоқан Уалиханов (дұрыс есімі – Мұхаммед Қанапия, ал Шоқан – анасының еркелеп қойған аты) 1835 жылы қараша айында Құсмұрын бекінісінде туған, әкесі Шыңғыс Уалиханов атақты аға сұлтан (бүгінде алғашқы этногрофшы ретінде де танылуда), арғы атасы орта жүздің ханы Абылай болған. Шоқанның балалық шағы әуелі Құсмұрында, содан кейін өзінің ата мекені – Сырымбетте өтеді. Бала Шоқанның сана сезімі ерте оянып, рухани өсіп жетіле беруіне әжесі айғаным үлкен әсер еткен.
Шоқан әуелі Құсмұрындағы қазақ мектебінде оқиды. Мұнда ол араб жазуының негіздерін меңгереді және қарындашпен сурет салып үйренеді. Сонымен қатар араб тілін кейіннен ұйғыр тілін жақсы меңгереді. Шоқан осы уақытта халық поэзиясына да құмартады. Ол «Қозы көрпеш – Баян сұлу», «Еркөкше» халық дастандарын жазып алады және шығыстың халық поэзиясына қызығушылық танытқан. Н.М.Ядринцевтің айтуынша «Шоқан ақын жанды … алам еді. Оған араб өлеңдері қатты ұнайтын және ол өзінің ұстазы Костылецкиймен бірге сол өлеңдерге рахаттанып, мәз болып отыратын» [25, 20 б] дейді.
1847 жылдың күзінде он екі жасар Шоқан туған елінен тұңғыш рет ұзақ сапар шегіп, әкесімен бірге Омбыға оқуға келеді, Мұнда Шыңғыс өз баласын Сібір кадет корпусына оқуға түсіреді. Осында Шоқан Уалиханов білім нәрімен сусындалып ғана қоймай орыстың мәдениеті мен демократиялық көзқарастарымен танысады. Ол Г.Н.Потанин, Н.Ф.Анненский, ұстаздары Н.Ф.Костылецкиймен достық қатынастарын орнатады. Шоқан Уалиханов корпуста жүріп-ақ көп кітап оқып үлгереді. С.Ф.Дуров, П.П.Семеов-Тяншанский, Г.Н.Потанин, Н.М.Ядринцев Уалихановтың көп білетіндігін, әсіресе шығыс әдебиетінен көп мағлұматы бар екенін жоғары бағалаған.
Шоқан кадет корпусын 1853 жылы он сегіз жасында бітіріп, армиялық атты әскердің корнеті деген офицерлік атақ алып шығады.
Ресми жағынан Сібірдің казак әскерінің алтыншы әскер полькінің офицері болып тағайындалғанымен, шынында, Шоқан Батыс Сібір генерал-губернаторының жанында қалдырылады да, бір жыл өткеннен соң Батыс Сібір мен Қазақстанның Солтүстік аудандарын басқарып отырған генерал Гасфорттың адьютанты болып тағайындалады. Сонымен қатар өлкенің бас басқармасы бойынша Шоқан Уалихановқа төтенше тапсырмаларды орындайтын офицер қызметі де жүктеледі.
1854-1857 жылдары Шоқан Ұлы жүз қазақтарының және қырғыздардан бұғы, сарыбағыш және солту руларының Россияға бейбіт жолмен қосылуы туралы мәселені шешуге жігерлі түрде қатысады.
1855 жылы Шоқан генерал Гасфорттың сапарына қатысады. Орталық Қазақстанды, Жетісуды және Тарбағатайды аралады. Оның маршруты Омбыдан Семейге дейін, одан Аягөз, Қапал арқылы Іле Алатауына дейін болды. Ал қайтар жолда Шоқан Алтын Емел жотасына дейін ғана Гасфортмен бірге болып, осы жерден Жоңғар қақпасына дейін барады. Алакөл ауданы мен Тарбағатайға сапар шекті, содан кейін Орталық Қазақсстанға беттеп Қарқаралы, Баянауыл және Көкшетау арқылы жүрді, Күзде Омбыға оралды.
1856 жылдың басында Уалихановқа поручик шені берілді. 1856 жылы Уалихановтың ғылыми еңбегінің дамып өркендей беруіне кең өріс ашылады. Ол Коментовский деген білімді офицердің басшылығымен ұйымдастырылған үлкен әскери-ғылыми экспедицияға қатысты. «Экспедиция мақсаты қырғыз халқымен танысу және Ыстықкөл алабын картаға түсіріп алу еді» [25, 41 б].
1856 жылы күзінде Шоқан Семенов-Тяншанскиймен бірлесіп Құлжаға саяхат жасайды. 1856 жылы тамыз айының бас кезінде Шоқан Уалиханов ресми түрде Құлжа құлжа қаласына барады және жолшыбай Батыс Қытайдың бірнеше шекаралық аудандарына соға түседі. [25, 49 б] Уалиханов Құлжа өлкесінде үш айдай болып содан кейін күздің соңғы айларында Омбы қаласына қайтып оралады. 1857 жылы Шоқан Алатау қырғыздарына тағы да сапар шегеді.
1858-1859 жылдары Шоқан өзін ержүрек саяхатшы даңқына бөлеген атақты Қашқар саяхатына барып қайтады. Бұл кезде Қашқарға бару өте қауіпті еді, Цин әулетінің феодалдық езуіне наразы болған жергілікті халықтардың көтерілісі бүкіл Шығыс Түркістанға тегіс жайылған болатын. Әйтсе де ғылымға мүлдем белгісіз болып отырған ертеде қалыптасқан мәдениеті бар Қашқариядай бай елді зерттеудің маңызы өте зор еді. Шоқан Қашқарияға сапар шегетін керуенге Қарамолада 1958 жылы 28 маусымда қосылады. Осылайша 1958 жылы қыркүйек айында Қытай империясының шекарасынан өтеді. Ал Қашқарияда Уалиханов жарты жылдай болады. “Ш.Уалиханов өзінің Қашқарияға деген саяхатын он ай, он төрт күнде ойдағыдай аяқтап, 1859 жылдың он екінші сәуірінде Верныйға (Алматыға) келеді. Он бір жарым ай дем алып, Омбыға қайтады да, өзінің жинаған материалдарын өңдеуге кіріседі” [25, 69 б]. Жалпы Қашқар саяхаты Уалихановтың денсаулығына үлкен зиян келтіреді. Қашқарияға сапарын Уалиханов Петербургке баяндамен алып барады. Уалиханов Петербургте әртүрлі салада қызмет атқарады. Ол бірнеше мекемеде бас штабтың әскери-ғылыми комитеті мен Азия департаментінде, Университет пен географиялық қоғамда қызмет істейді. Бас штабтың ғылыми комитетінің тапсыруы бойынша Орта Азия мен Шығыс Түркістан карталарын құрастырады. Шоқанның редакциясымен “Балқаш көлі мен Алатау жоталарының аралығындағы кеңістіктің картасы”, “Іле сыртындағы өлкенің батыс бөлімін барлау” (1856), “Құлжа қапасының жоспары”, “Ыстықкөл экспедициясының нәтижелері туралы есепті баяндамаға қажетті карта” (1856), “Қытай империясының Батыс өлкесінің картасы” және басқалары жасалынды.
1861 жылдың көктемінде Шоқан Уалиханов қатты ауруға шалдығып, Петербургтен еліне қайтады.
1864 жылы Шоқан Уалиханов генерал Черняевтің әскери экспедициясына шақырылып, Әулиеата бекінісін, олардағы соғыс әрекеттеріне қатысады. Алайда генерал Черняевтың әділетсіз істеріне Шоқан қатты наразы болады, тіпті, жалғыз Шоқан емес, Россияның бүкіл алдыңғы қатарлы адамдары наразылық білдіреді.
Шоқан Уалиханов Черняевпен келісе алмайды. 1864 жылдың июль айында ол Черняевтың әрекеттеріне наразы болған бір топ офицерлермен бірге Верный қаласына қайтады.
Содан соң Шоқан Верныйдан кетіп, албан руының аға сұлтаны Теректің ауылына барады. Сонда тұры ол Терек сұлтанның қарындасына үйленеді.
Ауылда трған кезінде Шоқан Ұлы жүз қазақтарының тарихи аңыздарын зерттеп, Батыс Қытайдағы дүнген көтерілісіне көңіл аударып, Петербургпен және Батыс Сібір әкімшілігімен байланысып отырады [25, 88 б].
Бас штаб пенАзия департаменті Шоқан Уалихановты өмірінің ең соңғы күніне дейін орнынан босатпай оны қызметте деп есептеді.
Уалиханов өзінің бірден бірге мендей түскен науқасынан айырыла алмайды. 1865 жылы, сәуір айында Шоқан Алтын Емел жотасының етегіндегі Көшен тоғаны деген жерде, Тезек сұлтанның ауылында қайтыс болады. Осылайша қазақтың аса көрнекті ғалымы және ағартушысы Шоқан Уалихановтан мол тарихи, географиялық, этнографиялық, әдеби, мәдени мұа қалдырылды. Ол тым қысқа өмірінің ішінде Орта Азия мен Қазақстан халықтарының тарихы, географиясы мен этнографиясына арналған бірсыпыра еңбектері мен қоғамдық саяси тақырыптағы толып жатқан шығармаларын да жазып үлгерді. Шоқан Уалиханов терең энциклопедиялық білімі бар, өз заманындағы ғылымда да бірқатар мәселелерді жаңаша көтере білген кемелді ірі ғалым еді. Шынында да Шоқан өз тағдырын аз ғана жаспен өткізседағы осыған дейін зерттелмеген Орта Азия мен Қазақстан жерлерін зерттеуге үлкен көңіл бөліп зор мұра мен ғылыми дүние қалдыра алды. Осыған Шоқанды итермелеген оның зеректілігі, білімділігі және таланттылығы десек те сонымен қатар Шоқанды зор ғылыми мұра қалдыруына өскен ортасы, достары мен заман талабы да әсер етті. Осы кездегі алғашқы этнографтардың қатарына Шоқанның әкесі Шыңғыс Уалиханұлында жатқызған болатын.