Ботулизмнің жасырын кезеңі 18 сағатган 16 тәулікке дейін. Денеге енген токсиннің мөлшері неғұрлым көп болса, соғұрлым жасырын кезең де қысқа, аурудың өтуі де шапшаң болады. Ботулизм өте жіті, жітіден төмен және созылмалы өтеді. Аурудың тұтануы әдетте 8-12 күнге созылады да, алғашқы 3-4 күнде ауруға шалдығу жоғары болады. Көбінесе дененің ыстығы көтерілмейді. Жіті өткенде ауру 1-4 күнге, жітіден төмен түрі 7 күнге, ал созылмалы болғанда 3-4 аптаға ұласады.
Жылқы мен сиырда ботулизм аса жіті өткенде, негізінен аурудың ешбір белгісі білініп үлгермей, мал кенеттен өліп кетеді. Кей жағдайда есеңгіреген жануар басын көкірегіне бұрып, жатып қалады да, жантәсілім бермей-ақ өліп қалады. Сауығу өте сирек кездеседі.
Ауру жіті өткенде жануар мазасызданып, рефлекс сезімі төмендейді. Жүргенде тәлтіректеп, аяғын талтая басып, әзер қозғалады. Бара-бара тұра алмай, жатып қалады, күштегенде әзер түрегеледі. Көздің, танаудың, ауыздың кілегейлі қабықтарында гиперемия байқалады, болмаса көкшіл немесе сарғыш тартып тұрады. Танауы делдиіп, демін жиі және таяз алады. Ауру меңдеген кезде тамыр соғысы минутына 80-100-ге жетеді. Жүрегі әлсіз соғып, аритмия байқалады. Ішектің жиырылуы бәсеңдеп, бара-бара атонияға ұласып, іші қатады. Нәжісі жалқақтанып, аз бөлінеді. Несептің мөлшері азаяды да, онда индикан, белок және глюкоза байқалады. Қанда эритроциттердің саны сәл көбейіп, шөгу жылдамдығы төмендейді. Ауыздан сілекей ағып, астыңғы жақ салданып, тіл салақтайды. Жануардың жемшөпке тәбеті сақталып, шөліркейді. Ернімен жемшөпті аузына алғанымен, жұтқыншақтың салдануынан жұта алмай, қайта шығарып тастайды, не болмаса аузын толтырып тұрады. Ажал тақаған шақта астыңғы жағы салбырап, шайнаудан мүлдем қалады. Өлім көрсеткіші 90-95%. Тек қана жеңіл ауырған жануарлар ғана жазылады.
Ауру жітіден төмен өткенде жануар орнынан тұрып, қозғалғанымен жүргенде тез шаршап, сүріне береді де, қайтадан жатады. Онда да шайнауы мен жұтынуы қиындап, іші қатады, жүрек қызметі нашарлайды. Жұтынғанда аспирация болып, пневмония немесе өкпе гангренасына ұшырауы мүмкін.
Созылмалы өткенде малдың орнынан тұруы, жүруі қиындап, ұзақ жатқаннан денесінің әрбір жері ойылады. Сезімі, тәбеті, күйіс қайтаруы сақталады. Жануар тез арықтайды. Сауығуы аурудың басқа түріне қарағанда жиірек байқалады.
Қой ботулизм кезінде тәлтіректеп жүреді. Артқы аяқтарын бауырына қарай тартып ұстайды. Мойынын созып, басын кейкитеді. Мойны салданған кезде бір жағына қарай иіледі. Ауру жіті өткенде аузынан тілі салақтап, сілекей ағады. Созылмалы түрде ауырып жазылған мал ұзақ уақыт дел-сал күйде болады.
Ешкінің жүріп-тұруы бұзылады да, шайнауға және жұтынуға қатысты бұлшық еттердің салдануы үнемі байқалмайды.
Шошқа сирек ауырады. Дыбысы шықпай, сілекейі шұбырып, денесінің қозғалысын дұрыс меңгере алмайды. Көруі нашарлап, жұтқыншағы мен жақтарының бұлшық еттері салданады. Бірнеше сағаттың ішінде, болмаса 2-3 тәулікте өледі.
Құстар (тауық, қаз, үйрек) аяқтарын баса алмай, қанаттарын салбыратып немесе ебедейсіз бір қанатын ғана қағады. Мойны бүгіліп, басын иығына қарай бұрады. Сәл ашылған тұмсығынан шығып тұрған тілін жинап ала алмайды. Ауру шегіне жеткен кезінде құс бауырлап, немесе бір жағына қисайыи, жатып қалады. Мойнын созып, басын жерге салады. Судағы құс жүзгенде табиғи қалпын сақтай алмай, мойны мен басын дұрыс көтеріп ұстамайды. Паралич болған кезде сезімі сақталады. Көздің қарашығы ұлғайып, ашылып-жұмылатын жарғағы орнына бармайды.
Ауырған иттің аяқтары салданып, көзі қимылдамай, дел-сал күйде болады. Ішектің қызметі бұзылып, жұтқыншағы жансызданады. Ақыры асфиксиядан тыныс ала алмай өледі. Ауруға пневмония қабаттасуы мүмкін.
Күзенде токсин бойға енген соң аурудың белгілері 0,5-4 күн шамасында білінеді. Сирақ еттері салданып, көздің қарашығы ұлғаяды. Аузынан сілекей ағып, еркінен тыс несеп бөлінеді. Басы бір жағына қисайып, көз қарасы бір жерден аумайды. Ызаланғанан тістеп алуы мүмкін. Тыныстың тоқтауынан өледі. Өлім көрсеткіші 70-80%.
Паталогоанатомиялық өзгерістер. Өлексені сойғанда тері асты шелінің сарғайғаны, жүрек пен сірілі қабықтарының шашыранды қанталауы байқалады. Қан тамырларын кескенде қою қара қошқыл қан шығады. Қарында әдетте аздаған ғана желінген жемшөп болады. Сиырдың алдыңғы қарындарында зат алмасуының бұзылуы салдарынан әртүрлі жеуге жарамсыз заттар (сүйек, тас, темір, т.б.) болады. Жалбыршақ қарын құрғап, нығызданады. Аш ішектің, кейде тоқ ішектің кілегейлі қабықтарында қатарлы – геморрагиялық қабыну байқалады. Тік ішекте нығыздалған, жалқақтанған нәжіс болады. Бүйрек, бауыр және көкбауырдың ұлпасы әдетте ешбір өзгеріссіз, тек күзен мен құстарда толыққанды болады. Өкпесі домбығып, ауру асқынғанда пневмония мен гангрена байқалады. Ми домбығып, кейде қан тамырларының маңайы талмаурап тұрады.